En 1877, il manque cent millions de francs à l’entreprise du Gothard pour terminer le tunnel. A Genève on hésite entre soutien à une entreprise menée par Louis Favre, ingénieur de Chêne-Bourg et abandon à la faillite d’une ligne qui dessert les intérêts locaux. Après d’âpres discussions, une solution est trouvé en été 1878 : la Confédération apporte un soutien financier au Gothard, promettant de faire de même pour un tunnel à l’est et à l’ouest du pays. C’est le « compromis du Gothard » qui rallie les défenseurs romand du Simplon.

Le tunnel ferroviaire du Gothard est inauguré en 1882. Il aura coûté la vie à plus de trois cents ouvriers ainsi qu’à Louis Favre, son entrepreneur genevois terrassé en 1879 en plein souterrain. Alors que les percements du Simplon et du Mont-Blanc ne sont encore que des chimères, le Gothard éloigne un peu plus Genève des courants européens de circulation.